Los primeros asentamientos observados en el término municipal son de íberos de la Edad de Bronce.
En el contexto de la Reconquista, el valle del río Guadahortuna se encontraba en un peligroso y escasamente poblado territorio fronterizo. Las únicas referencias eran el castillo de Montejícar y el de Alicún de Ortega, al norte los de Huelma y Solera y al sur los de Iznalloz, Píñar y Gorafe.
Vista de la Iglesia de Santa María la Mayor (siglo XVI), en Guadahortuna
Guadahortuna como población se fundó en el siglo XVI, entre 1504 y 1505, tras la reconquista cristiana del Reino de Granada cuando el Consejo de Granada tomó la iniciativa de fundar una nueva población para dar seguridad al camino hacia Granada y para consolidar el señorío de Granada frente al de Jaén. Entre 1503 y 1505 se repoblaron además por iniciativa real las poblaciones de Iznalloz, Píñar y Montejícar. Para mantener el asentamiento de la población los vecinos de Guadahortuna gozaban de exenciones a cambio de residir en el nuevo lugar por diez años, que se hubieron de extender a Montejícar para evitar su propia despoblación. La procedencia de los pobladores entre 1504 y 1510 fue del Reino de Jaén, Castilla la vieja, Castilla la Nueva, el Reino de Valencia, algunos imprecisos como Alcalá, Cueto y La Hinoja junto a otros no especificados. En 1550 el vecindario estaba formado por unas 250 personas.2
El corregidor y los regidores de Granada nombraron previo sorteo a los alcaldes, regidores y alguaciles de los villas de Los Montes, pudiendo encontrar esta información en los libro de las actas capitulares del Ayuntamiento de Granada.
Guadahortuna se convirtió en la principal suministradora de carbón y madera de Granada y se integró en las Siete Villas con obligación de comerciar únicamente con Granada. También se sabe por un acta de las Cortes de 1548 que era muy importante su labor en los vidrios. Con Felipe II, en 1557, los vecinos de Pedro Martínez y Juan de Molina, en representación del pueblo, gestionaron la compra de la corona de la independencia de Guadahortuna por 7000 maravedíes por cada vecino, en total 351 vecinos que asciende a 2 457 000 maravedíes.